一、疾病的病因分类按照疾病的病因分类同样分为三种：1、隆、赤巴、培根发生变化而产生的疾病隆、赤巴、培根三因素由于自身在体内发生紊乱，或者是由于四缘引发的三因紊乱而产生疾病。2、前世的不良宿业导致现世所生疾病（此种说法，跟藏地的宗教信仰相关，是否属实，需进一步考证）在前世做了不良的事情带来的恶果而产生的疾病，疾病的范围大，有剧烈的痛苦，危害生命。3、三因失调与前世宿业二者结合而产生的疾病三因与前世不良宿业产生的疾病，病因微小，但是病势范围十分大。4、三因紊乱产生的疾病也分为由于刀剑伤、中毒、被动物顶撞等疾病，称为第四种疾病二、按照人群分类按照人群分类为五种即：男科、妇科、老年疾病、儿科、普通疾病（即所有人共生的疾病）。男性疾病：精液枯衰、精液旺盛遗精，男性生殖器疾病，精液本身疾病等共计17种。妇科疾病：子宫病有隆、赤巴、培根、血液、四种聚合疾病。痞瘤疾病、阴道虫病、恶血症、恶隆病、脉病共计16种。儿科疾病：儿病有细、微、粗等八种，比如头颅肿大、脾病、胆病等，虫病、脐病等（藏族老人）老年疾病：体力衰退、器官退化等疾病三、形态分类男、女、幼儿、老人等四种普遍罹患的共同性疾病，也分为四大类，即以三因分类的有101种；以主要疾病分类的有101种；以发病部位分为101种；以病种分类有101种。共计404种。1、按照三因分类为隆、赤巴、培根三大类三因中隆病的分类有总和与具体的两类。总和分类又区分为病种与疾病的居位两种。居位分类有入侵的六种途径，从皮肤到骨髓。隆病的具体分类是根据隆的五种具体划分，维命隆等五种隆的单一疾病，与赤巴混合的五种疾病，与培根混合的五种疾病，三因中的赤巴病的分类方法跟隆病的分类法相同。培根病的分类，有本系疾病和旁系疾病两种。本系疾病又分为总的分类和具体分类两种，总的分类又分为病种分类和部位分类。部位分类有六种入侵途径即从皮肤到骨髓，和五官出花共计七种分类。具体分类是单一培根和培根赤巴混合或赤巴隆混合疾病。2、按主要疾病分类疾病的分类有单一疾病和混合疾病本系的单一疾病指的是隆、赤巴、培根各自单一的疾病，三因的单一疾病也分为增盛和衰弱两种，三因之一增盛的程度也分轻、中、重，衰弱也有轻、中、重三种。混合疾病是指的是三因与七精华、三秽物混合而产生的旁系疾病，两者混合称为并病，有均衡增盛的三种。三者混合称为合病，亦有平衡、增盛、衰微三种。旁系疾病分类中提出的危命症，指的是后加疾病，即前面所诉的隆等单一疾病爆发之后，在原有的基础上有增加了新的疾病，这一种疾病，可分为三种，即加入、复发、聚合。加入指的是例如隆病爆发之后，有增加了新的培根病或者赤巴病。复发指的是前病没有平息，后又复发新的疾病。聚合疾病指的是隆等原有的疾病，后又与其他的疾病聚合，二者疾病相互交攻，例如隆病占据本位，赤巴或者培根为窜入隆的本位，与隆病互攻而产生的疾病。3、按照部位分类所有的疾病按其部位分类，主要分为居于体和居于心两大类。居于身体的疾病，又分为居于身体上、中、下、内、外等四种，以及遍布全身身体内、外五种疾病。4、按照病种分类按照病种分类有体内病、创伤、热病、零星病等四类疾病。体内疾病分为未消化疾病之因和未消化疾病的结果两种体内病。身体的创伤分为自然创和突发创伤两大诶。热病分为新热、盛热、虚热、伏热、宿热、郁热等六种。按照其形态分有扩散热、紊乱热、疫热、毒热等四种。难定某一病种的零星疾病分为：喑哑、呃逆、虫病、腹绞痛、白脉病、风湿、尿闭、皮肤病等十九种。
疾病的分类标准不一样，有的是根据疾病的病因，有的是根据疾病的轻重